武夷山市自设县建置一千年以来，历代隶属多有变迁。宋时，崇安县隶属于建宁府，元朝改属建宁路。明清两朝仍沿袭宋制。民国初期，崇安县曾先后隶属于北路道和建安道。民国12～21年，直接隶属于福建省。后分别隶属于福建省第十行政督察区和第三行政督察区。民国19年5月至民国24年1月，崇安县苏维埃政府在全境绝大部分地区行使权力，隶属于闽赣省(之前为赣东北省、闽浙赣省)闽北分区苏维埃政府。中华人民共和国成立后，崇安县的隶属机关屡次更名，分别为福建省第一行政督察专员公署、福建省建瓯专区、福建省建阳专区、福建省南平专区、福建省建阳地区行政公署、福建省南平地区行政公署。撤县建市以后隶属关系不变。